לאמה טובטן ישה נולד בטיבט בשנת 1935, לא רחוק מלהסה (Lhasa) בעיירה טולונג דצ'ן (Tölung Dechen). במרחק שעתיים רכיבה על סוס היה ה- Chi-me Lung Gompa, בית לכמאה נזירות ממסורת הגלוג. עברו מספר שנים מאז שראש המנזר המלומד והגורו שלהן נפטר, כאשר נֵנוּנג פַּאווֹ רינפוצ'ה, לאמה מאסכולת הקאג'יו שהיה מפורסם בזכות כוחותיו העל -טבעיים, הגיע למנזר שלהן. הן פנו אליו ושאלו: "היכן הגורו שלנו עכשיו?". הוא ענה שבכפר הסמוך למנזר נולד ילד בזמן כזה וכזה, ואם הן יבדקו את הנושא הן יגלו שמדובר בגלגולו של ראש המנזר שלהן. בעקבות עצתו הן מצאו את לאמה ישה הצעיר, לו הן העניקו מנחות רבות ונתנו את השם טונדרוב דורג'ה (Thondrub Dorje).
במהלך השנים הבאות היו הנזירות לוקחות לעיתים קרובות את הילד הצעיר בחזרה למנזר כדי להשתתף במגוון טקסים ואירועים דתיים שנערכו במקום. במהלך הביקורים האלה- שלעיתים לקחו מספר ימים- הוא היה נשאר בחדר המזבח והיה מבצע את הטקס יחד איתן. הנזירות גם ביקרו אותו לעיתים קרובות בבית הוריו, שם הוא למד את האלפבית, דקדוק וקריאה על ידי דודו, נְגַווָאנְג נוֹרְבּוּ, שהיה סטודנט וגֶשֶה ממנזר סרה.
על אף שהילד הצעיר אהב מאוד את הוריו, הוא חש שהקיום שלהם מלא בסבל ולא רצה לחיות כפי שהם חיו. מגיל מאוד צעיר הוא ביטא את תשוקתו לחיות חיי דת. בכל פעם שנזיר היה מבקר בביתם הוא היה מתחנן לעזוב איתו ולהצטרף למנזר. לבסוף, כשהיה בן שש, הוא קיבל את אישורם של הוריו להצטרף למרכז הלימודי של מנזר סֶרָה גֶ'ה, שהוא אחד משלושה המרכזים הנזיריים הגדולים של מסורת הגלוג הממוקמים בקרבת להסה. דודו לקח אותו לשם לאחר שהבטיח לאימו שהוא יטפל בו היטב. הנזירות סיפקו לו גלימות ואת יתר הדברים להם הזדקק במנזר סרה ג'ה בזמן שדודו פיקח עליו בקשיחות ודאג לכך שילמד היטב.
בגיל 8 הוא לקח נדרי נזירות שניתנו לו על ידי המורה פורצ'וג ג'מפה רינפוצ'ה.
הוא נשאר בסרה עד שמלאו לו 25 שנים. במסגרת לימודיו במנזר הוא קיבל הנחיות רוחניות על פי מסורות לימודיות שהגיעו מהודו לטיבט לפני מעל ל-1000 שנים. מקיבג'ה טריג'נג רינפוצ'ה (Kyabje Trijang Rinpoche), המורה הזוטר של הוד קדושתו הדלאי לאמה, הוא קיבל שיעורים על הדרך המדורגת להארה (לאם-רים) הסוקרת את כל דרך הסוטרה עד להגעה לבודהיות. בנוסף, הוא קיבל חניכות והעצמות טנטריות רבות, לצד לימודים ושיחות מהמורה הזוטר וגם מהמורה הבכיר, קיבג'ה לינג רינפוצ'ה, כמו גם מדרגרי דורג'ה-צ'אנג רינפוצ'ה, סונג רינפוצ'ה, להצון דורג'ה-צ'אנג רינפוצ'ה ומעוד גורואים ומאסטרים רבים וטובים.
שיעורים טנטריים כפי שקיבל לאמה ישה מעניקים נתיב מהיר ועוצמתי להשגת תודעה מוארת וטהורה לחלוטין, המיוצגת על ידי מגוון רחב של ישויות טנטריות. בין הישויות הטנטריות שאת חניכתן הוא קיבל ניתן למצוא את: הֵרוּקָה, וַאגְ'רָהבְהיירבָה וגוהיָאסַמַאיָיה, המייצגים בהתאמה את החמלה, החוכמה והמיומנויות של ישות מוארת באופן שלם. בנוסף, הוא למד את "שש היוגות" המפורסמות של נַרוֹפָּה, עם פרשנויות המבוססות על הניסיון האישי של ג'ה צונגקפה.
במהלך כל תקופת הלימוד הזו, אחת התפילות החוזרות של לאמה ישה הייתה להיות מסוגל יום אחד להביא את יתרונותיו ומעלותיו של התרגול הרוחני והשלווה שהוא טומן בחובו לכל בעלי התודעה שטרם התוודעו לדהרמה.
שלב זה בלימודיו הסתיים בשנת 1959. כמו שלאמה ישה אמר בעצמו: "בשנה זו הסינים אמרו לנו בנעימות שזה הזמן לעזוב את טיבט ולפגוש את העולם החיצון". לאחר שנמלט דרך בהוטן, הגיע לבסוף לצפון מזרח הודו שם פגש פליטים טיבטיים רבים. במחנה הפליטים הטיבטי של Buxaduar הוא המשיך את לימודיו מהיכן שהופסקו. עוד בהיותו בטיבט הוא היספיק לקבל לימוד ראשוני של שלמות החכמה (prajnaparamita), של פילוסופיית המדיָהמיקה (דרך האמצע) ושל לוגיקה. בהודו המשיך לקורסים בנושא חוקי המשמעת הנזירית (הוינאיה) ושיטת האבידהרמה של המטפיזיקה. בנוסף, הוא זכה קבל שיעורים מפיו של המלומד הגדול טנזין גיאלטצן, הלא הוא קונו לאמה, בנושא הטקסט המופלא של מאסטר שנטידווה "המדריך לאורח חיי הבודהיסאטווה" ובנושא הטקסט "אור על הדרך להארה" של לאמה אטישה (Bodhipathapradipa). בגיל 28 הוא לקח נדרי נזירות מלאים שניתנו לו על ידי קיבג'ה לינג רינפוצ'ה.
אחד מהגורואים של לאמה ישה בטיבט ובבוסדואר היה גשה רַבְּטֵן, מתרגל מלומד ביותר המפורסם בזכות הריכוז החד נקודתי וכוחות הלוגיקה לשלו. לגורו מלא חמלה זה היה תלמיד בשם טובטן זופה רינפוצ'ה. בעקבות המלצתו של גשה רבטן, זופה רינפוצ'ה התחיל לקבל הנחיות נוספות מלאמה ישה. זופה רינפוצ'ה היה ילד צעיר מאוד באותה התקופה והמשרת שדאג לו רצה להשאיר אותו תחת חסותו של לאמה ישה. לאחר התייעצות עם קיבג'ה טרינג'נג רינפוצ'ה סידור זה התבצע והם נותרו ביחד מאז.
קישור לגלריית תמונות של לאמה ישה: https://fpmt.org/teachers/yeshe/gallery/